Фармакотерапія депресії включає активну терапію, поки не буде досягнута найкраща клінічна відповідь або ремісія (зазвичай 6-12 тижнів) і продовження терапії протягом наступних шести місяців для запобігання рецидиву. Іноді підтримуюча терапія триває місяцями або роками у разі повторних або сталих розладів. Частота рецидивів приблизно вдвічі вища, коли прийом антидепресантів припиняється до закінчення підтримуючої фази, тому дотримання режиму є важливим, навіть якщо в пацієнта наявне раннє поліпшення.

Існують різні види ліків, які використовуються для лікування депресії. При виборі препарату лікар повинен враховувати кілька факторів: напр. переважаючі симптоми, попередній досвід, бажання пацієнта, а також побічні ефекти. У цьому контексті різниця між уніполярною та біполярною депресією є вирішальною. Зазвичай, це визначається до того, як знадобиться ваша участь, як фармацевта. Найбільш поширені групи медикаментів, що асоціюються з лікуванням депресії, та їх характеристики:

Антидепресанти:

• Важливо запевнити пацієнтів, що вони не викликають звикання і не змінюють особистість;
• Пацієнтам слід порадити бути терплячими, оскільки дія антидепресанту не миттєва ( потрібно приблизно 2-4 тижні), а деякі побічні ефекти (наприклад, нудота при прийомі СІЗЗС) виникають на початку прийому препарату.

Седативні/транквілізатори: 

• Можна використовувати додатково до антидепресантів лише протягом короткого періоду, напр. протягом перших двох тижнів до початку дії антидепресантів;
• Високий ризик звикання;
• Звикання (збільшення доз для полегшення симптомів) і синдром відміни;
• Слід застосовувати тимчасово під час гострих криз, щоб зменшити рівень страждань та тривоги, при безсонні та задля зменшення ризику самогубства.

Нейролептики:

• Традиційно використовуються при шизофренічних розладах;
• Використовуються при психотичній депресії (мареннях) переважно в комбінації з антидепресантами;
• Деякі також використовуються в низьких дозах як транквілізатори (наприклад, ціамемазин, кветіапін) при депресії та тривожних розладах
• Відсутність ризику звикання.

Протиепілептичні засоби:

• Класично використовуються при епілепсії, стабілізують настрій;
• Рекомендується для лікування та профілактики біполярної депресії та манії. 

Природні антидепресанти:

• Звіробій – екстракт звіробою звичайного, рекомендована доза становить приблизно 500-800 мг. Відстроченість його дії становить три тижні, як і у синтетичних антидепресантів. З приводу тривалості лікування та паралельного прийому інших ліків слід проконсультуватися з лікарем;
• Не існує доказової бази щодо використання інших нібито природних антидепресантів, таких як омега-3 жирні кислоти.

Точна нейрохімічна дисфункція депресії невідома. Антидепресанти збільшують доступність нейромедіаторів серотоніну і норадреналіну в синаптичній щілині в деяких частинах мозку. Однак, в той же час, останні доклінічні дослідження показують, що антидепресанти постійно знижують активність нейронів у блакитній плямі стовбура мозку, де розташовані норадренергічні нейрони. Антидепресанти також підвищують доступність BDNF, нейротрофіну, який бере участь у нейрогенезі та нейропластичності.