Como os demais medicamentos, os antidepressivos podem ter efeitos secundários. Todas as pessoas reagem de modo diferente, e nem todos os medicamentos têm os mesmos efeitos secundários ou na mesma medida. Muitas vezes, os doentes sofrem de efeitos secundários na primeira semana em que tomam o antidepressivo: agitação ou sonolência, boca seca, náuseas ou "sentir-se esquisito". Muitos dos efeitos secundários podem ser geridos com uma dieta simples e ajustes da atividade física.
O efeito antidepressivo desejado surge normalmente depois de duas a seis semanas de tratamento, porém, os efeitos secundários podem ocorrer logo desde o início do mesmo. Este facto pode ser muito frustrante e conduzir a uma fraca adesão. Enquanto farmacêutico, deve alertar os doentes sobre a possibilidade de ocorrência desta situação e informá-los de que os sintomas irão aligeirar-se. É importante salientar que não devem interromper o tratamento e devem discutir as suas preocupações com o médico que lhes receitou os medicamentos.