憂鬱症的藥物治療應包括急性治療直到最佳臨床反應或緩解（通常為 6-12 週）和再持續治療 6 個月以防止復發。有時，如果症狀復發或持續存在，治療將持續數月或數年。在持續階段結束前停用抗憂鬱劑時，復發率大約是其兩倍，因此即使初期症狀得到改善，堅持是更重要的。

憂鬱症治療中使用了不同類型的藥物。對於藥物的選擇，醫生需要考慮幾個因素：例如，主要症狀、既往經驗、患者偏好、以及副作用。在這種情況下，憂鬱症與躁鬱症之間的區別至關重要。 通常這步驟應發生在您成為藥師之前。通常與憂鬱症治療相關的最常見藥物組及其特徵是：

抗憂鬱劑:

• 讓患者放心是很重要的，藥物不會上癮，也不會產生性格上的轉變；
• 應告知患者務必保持耐心，因為抗憂鬱作用的藥效會延遲（約 2-4 週），而一些副作用（例如 SSRIs 中的噁心）會在藥物開始時發生。

鎮定劑/鎮靜劑:

• 只能在短期內與抗憂鬱劑一起使用，例如在前兩週，直到抗憂鬱劑開始起作用；
• 與成癮風險密切相關；
• 藥物依賴（增加劑量以緩解症狀）和戒斷症；
• 應在嚴重發作時短暫使用，以減輕痛苦和焦慮、失眠，並降低自殺風險

抗精神病藥:

• 傳統上用於思覺失調症；
• 多與抗憂鬱劑合併使用於妄想性憂鬱症（精神病性憂鬱症）；
• 有些還以低劑量作為憂鬱症和焦慮症的鎮靜劑（例如ciamemazine、 quetiapine）
• 沒有成癮的風險。

抗癲癇藥:

• 常用於癲癇，它們具有穩定情緒的特性；
• 推薦用於雙相憂鬱症和躁鬱症的治療和預防。

天然抗憂鬱劑:

• 聖約翰草是貫葉連翹提取物，推薦用量約500-800mg。 其作用的潛伏期為三週，類似於合成抗憂鬱劑。應向主治醫師諮詢治療持續時間和同時服用其他藥物；
• 目前沒有證據表明使用其他標榜天然的抗憂鬱劑，如 omega-3 脂肪酸。

憂鬱症的確切神經化學功能尚不清楚。抗抑鬱劑似乎增加了大腦某些部位突觸間隙中神經傳遞物質血清素和正腎上腺素的可用性。然而，與此同時，最新的臨床研究表明，抗憂鬱劑會持續降低正腎上腺素神經元所在的腦幹藍斑中神經元的活動。抗憂鬱劑還增加了 BDNF 的可用性，BDNF 是一種參與神經發生和神經可塑性的神經營養因子。