Doğru antidepresan seçimi için doktorunuz çeşitli faktörleri dikkate alacaktır: baskın ve temel semptomlar, geçmiş deneyimleriniz ve düşünceleriniz ve olası yan etkiler v.b.

Antidepresanlar temel olarak üçe ayrılır:

• Seçici serotonin gerialım inhibitörleri (SSRIs): genellikle daha az sayıda yan etkiye neden olurlar.
• Klasik trisiklik ve tetrasiklik antidepresanlar (TCA):  diğerlerine kıyasla daha fazla yan etkiye sahip olmalarına karşın ağır vakalar için daha etkilidirler.
• Yeni ve atipik antidepresanlar: genellikle iyi tolere edilirler.

Bazı durumlarda hastalar sarı kantaron (hypericum perforatum) gibi doğal maddeleri tercih edebilirler. Bu madde gerçekte doğal bir SSRI`dır ve etkili olabilmektedir. Diğer tür ilaçlar ise duygudurumu dengeleyici maddelerdir ve bunlar temel olarak bipolar depresyon için kullanılmaktadır.