Tüm ilaçlar gibi antidepresanların da çeşitli yan etkileri olabilir.  Her bir bireyde farklı bir reaksiyon gerçekleşir ve her ilacın yan etkileri eşit düzeyde değildir.

Antidepresanların iyileştirici etkisi, antidepresan kullanımını izleyen  2-6 haftada ortaya çıkarken yan etkiler kullanımdan hemen sonra ortaya çıkmaya başlar. Yan etkiler korkutucu olsa bile sabırlı davranarak antidepresanın olumlu etkisini görmek için beklemek gerekir. Birçok yan etki gün geçtikçe azalmaya başlamaktadır.

Alınan ilaçların birden bire bırakılmaması önemlidir. İlaç tedavisinin aniden bırakılması sindirim sistemi problemlerine (mide bulantısı, ishal) , uyku bozukluklarına (kabus, uyuyamama), baş ağrısı ve baş dönmesine neden olabilmektedir.

Yan etkilerinden dolayı ilaç alımını bırakmayı düşünüyorsanız, doktorunuza danışmanız gerekmektedir. İlacın dozunun düşürülüp düşürülmeyeceğine ya da değiştirilip değiştirilmeyeceğine doktorunuzla birlikte karar verebilirsiniz. Aşamalı olarak ilacı değiştirmek yukarıda sözü geçen semptomların görülmesini engelleyecektir.

Genellikle etkili ve az yan etkiye sahip bir antidepresan bulunabilir. Aksi bir durumda olası yan etkiler çeşitli yöntemlerle azaltılabilir.