Mint minden gyógyszernek, az antidepresszívumoknak is lehetnek mellékhatásai. Mindenki másként reagál a gyógyszerekre, és nem mindegyik gyógyszer váltja ki ugyanolyan mértékben ugyanazt a mellékhatást.

Az antidepresszívumok kívánt hatása általában a kezelés megkezdése után kettő-hat héttel jelentkezik, a mellékhatások azonban gyakran a kezelés megkezdésétől fogva fellépnek, leggyakrabban az első héten. A mellékhatások zavaróak lehetnek, de nagyon fontos, hogy ne veszítsük el a türelmünket és adjunk esélyt az antidepresszívum pozitív hatásának. A legtöbb mellékhatás néhány napon vagy héten belül elmúlik.
Nagyon fontos, hogy semmiképpen ne hagyja abba hirtelen a gyógyszer szedését! A hirtelen gyógyszerleállítás kellemetlen tüneteket okozhat, mint például emésztési problémákat (hányinger, hasmenés), alvászavarokat (rémálmok, álmatlanság), fejfájást, szédülést és időnként elektromos áram-szerű érzeteket.

Ahelyett, hogy a mellékhatások megjelenése miatt azon kezdene el gondolkodni, hogy abbahagyja-e a gyógyszert, érdemesebb lenne időpontot egyeztetnie az antidepresszívumot felíró orvossal. Meg tudja vele beszélni az esetleges aggodalmait és együtt el tudják dönteni, hogy szükséges-e csökkenteni vagy megváltoztatni a gyógyszerét. A gyógyszer fokozatos elhagyása vagy átállíttása lehetővé teszi a felsorolt tünetek elkerülését.

A felmerülő mellékhatások ellenére általában lehetséges olyan antidepresszívumot találni, amelynek hatékony és enyhe mellékhatásai vannak (ha egyáltalán van). Amennyiben mellékhatást tapasztal, számos dolog létezik azok csökkentésére.